ค่าใช้จ่ายในการบริหารจัดการตามภารกิจของศูนย์การศึกษาพิเศษ ได้แก่ ค่าตอบแทนการปฏิบัติงานนอกเวลาราชการ ค่ากำจัดขยะ ค่าซ่อมแซมครุภัณฑ์ ค่าวัสดุสำนักงาน ค่าวัสดุงานบ้านงานครัว ค่าวัสดุเชื้อเพลิง ค่าวัสดุคอมพิวเตอร์ ค่าวัสดุการศึกษา ค่าวัสดุโฆษณาและเผยแพร่ ค่าวัสดุเวชภัณฑ์ (ค่ายา) ค่าวัสดุหนังสือวารสารและตำรารวมทั้งค่าสาธารูปโภค